Päättävä luottamushenkilöelin on Oulun Konttori liikelaitoksen johtokunta, jonka puheenjohtajana toimii Lea Koivuniemi-Iliev. Johtajana toimii Pirjo Mäkinen.

Kaupungin organisaatiossa Oulun Konttori sijoittuu kaupungin tuotannosta ja omistamisesta vastaavan apulaiskaupunginjohtaja Timo Kenakkalan vastuualueelle.